El problema estriba en que el dominio principal de la cuenta tiene en el htaccess un valor no permitido en el modelo SuPHP/Apache.
| Código: |
AddType application/x-httpd-php .php .htm
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Aunque dicho valor esta en el htaccess de otro dominio, el formato de configuracion de Apache en Cpanel hace que el servidor lea ese fichero y cause el problema por partida doble.
Ahora mismo no tengo mucho tiempo para el lio este y te he comnetado la linea que afecta al dominios en el htaccess correspondiente.
Para añadir hanlders de Apache y usar codigo PHP dentro de html que supongo es lo que quieres deberas buscar información sobre SuPHP.
Un saludo.